Posiblemente que Choquequirao era más que una fortaleza, un sitio religioso. Por su locación es probable que haya sido el centro religioso más importante y que estaba ocupado por los sacerdotes y aquellos consagrados a las divinidades. Se ha encontrado pinturas y cementerios que confirmarían esta teoría.
Choquequirao está ordenado en nueve zonas construidas como pequeñas aldeas alrededor de una gran plaza donde se encuentran todas las calzadas provenientes de cada zona. Se ha logrado ubicar la plaza superior (Hanan), los depósitos (Qolqa), la plaza principal (Huaqaypata), la plaza inferior (Hurin), el sistema de andenes de cultivo inmediatos a la plaza principal (Chaqra Anden), la plataforma ceremonial (Ushno) y la vivienda de los sacerdotes en la parte baja de la colina..Por esto se presume que Choquequirao fue un gran centro político y económico, que sirvió como enclave comercial y cultural entre la costa, sierra y selva.
Choquequirao presenta múltiples edificaciones de dos pisos con hornacinas en el interior. Además de algunas puertas y nichos hechos con adobe jamba y canales de regadío. El material que fue usado son piedras canteadas con morteros de barro. Existen 22 grabaciones en estas piedras con figuras conocidas como “Llamas del Sol” dispuestas en 15 andenes con dirección al nevado Quory Hauyrachina Choquequirao cuenta con un gran sistema de andenes, una característica de los poblados incas, que ayudaban en el uso agrícola de las laderas de los cerros, y que actualmente, a la vista de los visitantes, parecen pisos alfombrados por la vegetación de la zona. Según el historiador Luis Guillermo Lumbreras, Choquequirao da la impresión de haber sido un centro urbano en crecimiento, parte de un gran proyecto mucho mayor que quedó inconcluso.
